畜禽粪尿含有丰富的植物营养物质，而且在改善土壤理化性状、培肥土壤方面具有化肥所不能代替的作用，但未经处理的粪尿含有的恶臭成分、有害微生物以及所产生的大量硫化氢、醇类、酚类、醛类、氨、酰氨类等污染物，如果流进江河湖泊，会使水质污浊，散发恶臭，并且造成水体富营养化，威胁鱼类和贝类的生存。农业用水如受到粪尿的污染，过量的氨及其他营养物质会引起水稻徒长、倒伏，危害很大。由于地面的渗漏使用，还会造成地下水污染，尤其是岩性粗、砂性强、保水力弱的土壤条件下。此外，粪尿中还含有大量病原菌，极易传播疾病，细菌和有害气体随风扩散，使污染范围扩大；粪尿聚集地区，易于蚊蝇等昆虫滋生，严重影响周围地区的卫生状况。