在水污染防治中，常用活性污泥法处理工业废水，通过种植芦苇、灯心草对含油废水、种植水葱对含酚废水进行净化。目前生物技术广泛应用于环境保护方面,主要有以下四个方面：（1）生物固氮技术为减轻化肥的污染、增加作物产量开拓了新局面。如我国研制的固氮兰藻用作晚稻肥源，取得了显著成效。（2）以虫治虫、以菌治虫、以菌治病等为特点的生物杀虫剂代替化学农药。（3）培育有利于生态环境的生物新种，既维持了生物的多样性，又提高了作物抗病虫害、耐寒耐旱、抗盐碱的能力，如国外正在研究的把玉米等一年生禾本科作物转变成多年生木本植物的技术。（4）发展生物能源，如利用废弃物制酒精、利用有机废物生产沼气等。