根据《上海市会计从业资格管理实施办法》规定“《会计从业资格考试成绩合格证》二年内有效，在有效期内持《成绩合格证》原件《会计电算化合格证》原件及单位税务登记证复印件到单位税务登记地同级财政局会计科办理申领《会计从业资格证书》”所以，《成绩合格证》有效期内通过考试取得《会计电算化合格证》不会影响《成绩合格证》的有效性。