2004年7月，市政府和科技部签署了工作会商制度议定书，建立了新一轮紧密的“部市合作”机制。在重大科技发展问题和科技体制改革综合试点等方面进行合作，推进研究和示范，攻克难点和探索经验。一年来，主要推进和完成了下述工作：
　　一是全面启动了“世博科技行动计划”，成立了领导小组。领导小组由科技部副部长马颂德、上海市副市长严隽琪任组长，世博科技专项将紧扣“城市让生活更美好、科技让世博更精彩”的主题，聚焦展馆建设、环境保护、交通运输、食品卫生和安全保障等五个方面，组织科技攻关，提供科技支撑，相关基地建设和重大项目已经启动。
　　二是研究并启动“崇明生态岛建设科技支撑实施方案”，成立了科技咨询专家组。2005年3月26日召开了崇明生态岛建设科技工作推进会，市科委与崇明县政府共建崇明生态科技创新基地，围绕自然生态、产业生态和人居生态的要求，启动10个重点科研项目以及首期包括湿地科学与生态工程在内的五个实验室方案及建设。其中，50KW屋顶太阳能并网应用、半导体照明等一批示范项目已投入使用。
　　三是开展了“e—上海”、水质优化、清洁能源、生命科学与医药、国家食品安全工程技术研究中心五个领域的项目布局方案的研究，形成了实施方案。其中在高性能宽带信息网、射频电子标签等领域已部署了重点科技攻关项目和推广应用项目。
　　四是按照“部市合作”体制改革综合试点的总体要求与基本思路，推进上海研发公共服务平台的建设。研究拟订了进一步深化上海科研院所进一步完善多元化改革方案。