国库集中收付制度是指通过国库单一账户对财政资金实行集中收缴和支付的管理制度。它有两个基本特征：一是财政统一开设国库单一账户；二是所有财政收入直接缴入国库，所有财政支出根据已经批准的部门预算由财政集中支付到商品或劳务供应者。
　　本市自1999年开始按照财政部的要求探索实施国库集中收付制度改革，先从扩大国库直接支付着手，以后逐年扩大试行国库直接发放工资的范围，逐步规范财政收入收缴程序。2003年以来，本市成立财政国库支付中心，完善国库集中支付执行机构建设；试行行政事业性收费收缴分离试点，逐步规范财政非税收入收缴程序。2005年，市政府正式发布《上海市财政国库管理制度改革方案》，决定用3年左右时间，在本市建立完善以国库单一账户体系为基础，资金缴拨以国库集中收付为主要形式的财政国库管理制度。当年对部分市级机关先行试点国库单一账户体系，推动有条件的区县扩大国库单一账户体系试点改革。同时，市和区县行政事业性收费先后全面实施收缴分离。