实施50万亩基本农田有机肥推广使用，列入2005年市政府实事工程。年内在宝山、奉贤、金山、崇明和农工商集团等地投资新建5家有机肥加工中心，新增畜禽粪便处理能力30万吨。加上前几年形成的畜禽粪便收集和处理系统，全市总畜禽粪便处理能力达到70万吨。在本市基本农田推广使用有机肥9万吨，面积达到55万亩，重点用于设施粮田和常年菜地。有机肥推广使用，有利于改土培肥，减少化肥使用量，促进安全、优质农产品生产。本市推广使用有机肥主要措施:
　　一是加强组织领导。市农委建立推进工作小组，按“条块结合，以块为主”原则，各区（县）组建相应工作小组。
　　二是政策引导扶持。按每亩基本农田使用有机肥150公斤，给予农民每亩37.5元补贴。
　　三是确保产品质量。对现有企业加强管理和指导，使其不断完善畜禽粪便收集和处理系统，鼓励有条件的企业努力扩大生产规模，提高处理能力。制定有机肥产品质量标准，督促有机肥生产企业按生产技术规范组织生产。
　　四是做好产销对接。通过企业自愿报名、质量抽检和网上公示，确定有机肥生产特约企业，并组织有机肥生产企业与使用单位签订供货协议，明确肥源数量、质量和指导价格。
　　五是抓好质量监管。编印发放推广使用有机肥宣传材料1万余份，举办不同层次技术培训班，受训人数约5000人次。加强对有机肥生产企业的质检和监管，出台“商品有机肥料质量监管暂行办法”等，明确规定，一次抽检不合格的企业进行黄牌警告，限期整改；二次抽检不合格的企业，红牌警告，并责令其退出推荐企业名单。